소아변비가 발생하는 원인은 잘 알수가 없고 의심되는 원인은 막연하고 다양하지만 대부분 무엇 때문이다 이렇게 딱 집어내기가 힘듭니다. 즉 이런 경우에 표현하는 것이 비특이성 기능성 변비라고 합니다. 이 경우 관련되는 요인으로는 크게 3가지입니다. 

 첫째 변의 양이 적은 경우는 장운동이 활발하지않거나 잘못된 식습관 때문입니다. 서구화된 식습관으로 인스턴트 식품 패스트푸드 육류등을 많이 섭취하는 반면 식이 섬유가 많은 채소 과일등의 섭취가 부족해지면서 장운동이 저하되고 변의 양이 줄고 장기간 배변 활동이 줄게 되어 변비가 생길수 있습니다. 
 둘째 변이 딱딱해지는 경우는 수분 부족도 적게나마 있을수 있고 오랜기간 변을 참거나 잘못된 식습관 때문입니다. 
 셋째 변을 억지로 참는 경우는 변이 딱딱해지고 통증이 동반이 되거나 낯선 환경 (익숙한 집이 아니고 유치원 학교등)에서 아이들이 화장실을 가는 것을 꺼리게 됩니다. 즉 위의 3가지 증상이 서로 물고 물려서 소아변비를 유발하게 됩니다.

소아의 변비는 대부분 기능성 변비이고 기질적 질환은 적지만, 태변이 24시간 후에 나온 경우, 신생아에 생긴 변비, 복부 팽만, 구토, 체중이 늘지 않는 경우는 선천 거대결장증, 갑상선 기능 저하증 등 기질적 질환을 의심할 수 있습니다.

급성 변비가 흔하게 발생하는 시기

흔한 경우는 아니지만 요즘처럼 특수한 이유로 생활 습관이 달라지거나 활동이 떨어지는 경우도 하나의 원인이 될 수 있습니다. (코로나 사태 이후로 사람들의 움직임이 줄어들면서 실제로 병원에 변비 환자가 많이 늘고 있습니다.)

소아의 기능성 변비는 모유에서 분유로 바꿀 때, 이유식을 시작할 때, 생우유를 먹기 시작할 때, 대소변을 가리기 시작할 때, 학교에 다니기 시작할 때, 스트레스가 많을 때에 잘 발생합니다. 부연해서 설명하자면 돌이 지난 후 생우유를 많이 먹어서 섬유질 섭취가 부족하여 변비가 생기는 경우도 많습니다. 학교에 다니면서 필요할 때 화장실에 가지 못하거나 불편한 학교 화장실 때문에 참아서 생긴 경우도 있습니다.

음식, 환경의 변화, 열성 질환 등으로 먹는 양이 줄어들어 생긴 급성 변비를 적절히 치료하지 않아 만성 변비로 진행되기도 합니다. 배변 시 통증과 두려움 때문에 대변을 참게 되어 대변 덩어리가 점점 더 커지고 수분이 흡수되어 딱딱해지는 악순환이 되풀이되어 더 심해지기도 합니다.